Actualmente la Facultad cuenta con doce semilleros de investigación, enfocados en diversas áreas como la gestión ambiental, ecología y producción.
A continuación se presentan los Semilleros:
- Ecobiodiversidad
- C- Emprende
- Agroecología Y Soberanía Alimentaria
- Aves Andinas
- Ecología De Artrópodos – SEA
- Ecología, Ingeniería Y Sociedad
- Gestión Integral Del Recurso Hídrico
- Producción Más Limpia
- Gestión Ambiental Territorial
- Gestión Ambiental Cultural
- Gestión Integral De Residuos Sólidos
- Planificación Socioecológica Del Paisaje
- Sistemas Productivos Alternativos