El Doctorado en Ciencias Ambientales de la Universidad Tecnológica de Pereira fue creado en 2006 mediante el acuerdo No. 52 del Consejo Superior, en cooperación con la Universidad del Valle y la Universidad del Cauca. Aunque el programa es presencial y otorga el título de Doctor(a) en Ciencias Ambientales tras completar un mínimo de 80 créditos, las tres universidades administran el doctorado de forma independiente tanto en lo académico como en lo financiero. El convenio de cooperación facilita el intercambio de recursos, profesores y estudiantes entre las instituciones.
El programa tiene un enfoque interdisciplinario que integra ciencias de la ingeniería, naturales, sociales, culturales y económicas para abordar la complejidad de los problemas ambientales. A través de una visión holística y el diálogo de saberes, el doctorado promueve la comprensión de las interrelaciones entre sociedad, medioambiente y cultura, centrándose en tres pilares fundamentales: la base ecosistémica, la base cultural y el desarrollo sostenible