La Maestría en Ecotecnología es ofrecida por la Escuela de Posgrados de la Facultad de Ciencias Ambientales de la Universidad Tecnológica de Pereira y tiene una duración de 4 semestres académicos con un requisito de 53 créditos. El programa está conformado por diferentes ciclos que se integran en asignaturas.

Desde el inicio del programa el estudiante debe enmarcar su propuesta de investigación en una de las líneas de investigación; en agua, saneamiento, producción más limpia o en producción agrícola y restauración ecológica, y biotecnología.

Los ciclos de formación ofrecidos en el programa se estructuran a partir de tres criterios académicos: Formación básica, profundización e investigación. A continuación se describe cada uno de ellos.

Ciclo de formación Básica: Este ciclo tiene módulos de carácter obligatorio y comprende el conocimiento y desarrollo de conceptos teóricos asociados a las ecotecnologías, objeto de estudio del programa de Maestría.

Ciclo de Profundización: Módulos de carácter electivo, en los cuales se fundamenta el desarrollo de conceptos teóricos y prácticos asociados a las ecotecnologías, de acuerdo a la línea de investigación seleccionada por el estudiante.

Ciclo de investigación: Corresponde a la realización de un proyecto de investigación de acuerdo a la línea de profundización, en este ciclo el estudiante deberá adelantar desde la formulación del anteproyecto hasta la finalización del proyecto durante los dos años de duración de la maestría. Este ciclo distribuye sus contenidos en todos los semestres o periodos académicos de la maestría.