La Formación ambiental en la UTP se inicia en 1993 con la apertura del Pregrado en Administración del Medio Ambiente, adscrito a la Facultad de Ciencias Ambientales; dando lugar en el año 2001 al inicio de la Maestría en Biología Vegetal, como primer programa de la Escuela de Posgrados de la misma Facultad.
En el año 2003 se inicia un segundo programa de posgrado: La Especialización en Gestión Ambiental Local con énfasis en planificación y gestión territorial, y posteriormente, se da inicio a la Maestría en Ecotecnología en el segundo semestre del año 2005 creada mediante el acuerdo N° 07 del 30 de enero de 2004 del Consejo Superior de la Universidad.
La Maestría en Ecotecnología inició su primera cohorte en el II semestre de 2005, con 27 estudiantes, la segunda cohorte Inició el II semestre de 2007 con 14 estudiantes. El 28 de noviembre del año 2011 por medio de la resolución N° 10912 del Ministerio de Educación Nacional, se obtuvo la renovación del registro calificado del programa por un periodo de tiempo de 7 años.