Las áreas de formación se estructuran a partir de tres criterios académicos: Área de Formación Básica: La comprensión de la Problemática Ambiental desde la integralidad que exige el conocimiento de los sistemas complejos; Área de Formación Complementaria: Se fundamenta en la prospección de alternativas específicas de desarrollo sustentable de acuerdo a las líneas de énfasis de la Maestría; y, por último, Área de Investigación o Gestión: Basada en la realización de un proyecto de investigación o gestión ambiental de acuerdo a la modalidad seleccionada por el candidato a Magister.
Área de Formación Básica: Comprende módulos de carácter obligatorio (15 créditos) que precisa el tema u “Objeto de estudio de la Maestría”. Los principios epistemológicos de la Maestría remiten a una visión integral de las Ciencias Ambientales, en la que es de resaltar la visión sistémica que abarca el ambiente natural, el ambiental sociocultural y el ámbito político normativo. 4 son los cursos obligatorios que cursará el estudiante en esta primera fase de formación.
Área de Formación Complementaria: Cursos de carácter electivos (18 créditos) se ofrecen a los estudiantes de acuerdo a sus intereses. En algunos casos las electivas tomadas se circunscriben a la línea de investigación en que se enmarca el trabajo de grado. Sin embargo, los estudiantes tienen la flexibilidad de tomar cualquier curso electivo ofrecido por la escuela de posgrados. Los 18 créditos referidos se distribuyen en Seis (6) electivas por cursar en el área de formación complementaria. Vale la pena señalar que para el caso de la Modalidad de Investigación el estudiante deberá elegir tres (3) electivas pertinentes con línea de investigación, previo visto bueno de su director o tutor, mientras que las otras tres (3) las denominamos electivas libres pues pueden ser optadas sin una relación directa con el énfasis elegido. Para la Modalidad de Profundización, el candidato puede elegir seis (6) electivas libres.
Área de Formación de Investigación o de Gestión: De acuerdo a la Modalidad de Investigación o de Profundización, el Candidato a Magíster en Ciencias Ambientales elegirá en cada uno de los periodos módulos obligatorios (17 créditos) relacionados con proyectos de Investigación para el caso de la Modalidad en Investigación, o Módulos de Gestión para el caso de la Modalidad en Profundización. El estudiante deberá adelantar desde la formulación del anteproyecto, hasta la finalización del proyecto durante los dos años de duración de la Maestría.
La Modalidad en Investigación distribuye sus contenidos en un plan de estudios de 4 periodos que combinan en cada periodo (I, II, III, IV) las áreas de formación básica, complementaria y de investigación.